Das HAUS im MOOS und der Donaumoos-Zweckverband sind eng miteinander verbunden, doch es handelt sich um zwei völlig voneinander getrennte Körperschaften.

Aufgabe des 1991 gegründeten Zweckverbands ist es, dazu beizutragen, das Donaumoos als ländlichen Siedlungs-, Wirtschafts- und Kulturraum für seine Bewohner zu erhalten, die natürlichen Lebensgrundlagen zu sichern und zu verbessern sowie die Lebensräume von Flora und Fauna zu schützen und zu entwickeln. Die Schritte zur Erreichung dieser Ziele hat der Zweckverband im "Donaumoos-Entwicklungskonzept 2000–2030" festgehalten.

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Das Donaumoos-Team

2021 hat Bayerns Regierung eine Förderung von 200 Millionen Euro für das Donaumoos verkündet. Das Geld soll in den nächsten zehn Jahren für den Erhalt von süddeutschlands größtem zusammenhängendem Niedermoor auf einer Fläche von 2000 Hektar eingesetzt werden.

Um dieses ehrgeizige Ziel zu erreichen, wurde das Donaumoos-Team gegründet. Es vereint Experten aus fünf Behörden, hinter denen das Landwirtschafts- und Umweltministerium stehen, die sich zum einen der Wiedervernässung auf ausgewählten Flächen widmen, und zum anderen den Bewohnern des Donaumoos in allen Fragen bezüglich der Vereinbarkeit von Besiedlung, Landwirtschaft und Naturschutz beratend zur Seite stehen. Mit seiner Arbeit unterstützt das Donaumoos-Team die Ziele des Donaumoos-Zweckverbands.